在我国，想要开展合法经营活动，可以选择申请办理个体工商户、个人独资企业或者有限责任公司。但是三种组织形式还是有一定的区别的。首先来说说三种组织形式直接的区别。

1、个体工商户不属于企业的范围，是以劳动者本人或家庭的生产资料和本人及家庭成员的劳动力从事经营活动。个体工商户是以个人的财产对外承担无限连带责任的，但注册的时候程序简单，不需要进行验资什么的，而且注册所需的费用少，一般需要几百元就够了。

2、个人独资企业由一个自然人投资，投资人以其个人的财产对企业债务承担无限的责任。公司是企业的法人有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部的财产对公司的债务承担责任。  

3、有限责任的公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任，公司注册时候的手续麻烦。 

另外个体户和有限公司在税收上的区别是： 

个体户一般是税务的机关根据其所在位置\规模\员工人数\销售商品等等来估算你的销售额,然后再给定税。不论当月的收入多少，有无收入都要按定税的金额来交税，个体工商户为定额税由税务专管员根据以上的情况核定。

有限公司一般应交的税种如下:

1、企业一般是根据企业的经济性质和经营的业务来确定企业应缴纳的税种和税率的；  

2、从事生产、销售、修理修配的的企业一般要交增值税的，增值税的纳税人分为增值税一般纳税人与小规模纳税人（新设立的企业都是小规模纳税人）。 一般纳税人是指工业年收入能达到50万，商业年收入能达到80万的企业，一般纳税人的税率是17%，可以抵扣购进货物的进项税金；小规模纳税人税率目前为3%。  

3、从事提供应税劳务（餐饮、服务、广告、运输、咨询等等）、转让无形资产或销售不动产的企业要缴纳营业税。营业税的税率根据行业不同，从3%到5%，个别的行业20%，如网吧等。营业税在地税缴纳。  

4、企业所得税：是针对企业的利润征收的一种税，税率为25%。

注册个体户相比公司注册的优点有：申请手续较简单，费用少，经营起来相对更灵活。缺点是：信用度及知名度比公司低，无法以个体户营业执照的名义对外签合同(而公司可以以法人名义对外签合同)。